El Presbiterio es el órgano de gobierno inmediato superior al Consistorio. Abarca a varias Iglesias locales de su jurisdicción. Está constituido por delegados de por lo menos tres Consistorios, hasta un máximo de diez Consistorios. Su propósito es misionero, pastoral y de gobierno, entre sus iglesias locales.
Planificar la labor misionera de su jurisdicción promoviendo el establecimiento de nuevas iglesias locales.
Cuidar en especial las iglesias locales sin pastor, examinar a los candidatos, presentados por los Consistorios
Planificar la administración, misión y tarea pastorales de su jurisdicción, nombrando comisiones.
Las iglesias que conforman el Presbiterio de Lima son las siguientes